Leurs créatures ne veulent pas que nous sachions qu'ils sont parvenus au niveau supérieur de la cyber-technologie.

Acusado de un acto de desobediencia que tuvo fatales consecuencias, el venerado general Irwin, un héroe de guerra, es sometido a un consejo de guerra, degradado y encerrado en una prisión militar conocida como 'La fortaleza'. Allí pronto se convierte en el punto de mira del alcaide, el coronel Winter, un hombre de carácter autoritario que comienza a sentirse acomplejado ante el carisma de Irwin con los reclusos.

Les Etats-Unis, au lendemain de l'an 2000. L'ultime arme pour endiguer une criminalité galopante : le Tracker, cyborg au service de la loi fédérale. Désormais, ce sont les ordinateurs qui font la loi et ordonnent à leurs exécuteurs les sentences. Un système autoritaire, d'une impitoyable efficacité contre lequel se bat l'agent Phillips. Pourchassés par les plus redoutés des 'trackers', Phillips et quelques résistants tentent le tout pour le tout afin d'éviter le pire.

Dirge of Cerberus se déroule 3 ans après les événements de Final Fantasy VII. Depuis peu, un groupe de soldats nommé Deep Ground commence à semer la panique à Midgar. Enterrés dans les profondeurs de la ville depuis la chute du météore, ils se décident finalement à passer à l'offensive. Vincent Valentine, membre de l'AVALANCHE et ancien membre des Turks, ayant combattu Sephiroth aux côtés de Cloud il y a 3 ans, semble lié d'une certaine manière à ces attaques. Lui seul peut maintenant libérer le monde de cette menace.